En la actualidad están abiertas al público 17 salas de exposición permanente totalmente renovadas en las cuales se exhiben aproximadamente 2.500 objetos pertenecientes a las colecciones de arte, historia, etnografía y arqueología del Museo.

La Sala de Exposiciones Temporales, ubicada en el primer piso, ofrece una programación continua de exhibiciones sobre distintos temas y autores de la historia, la antropología y el arte nacional e internacional.